Το Εργαστήριο αποσκοπεί στη μελέτη των οικοσυστημάτων και των ζωικών πληθυσμών τόσο σε μεμονωμένα πλαίσια όσο και στο πλαίσιο αλληλεπίδρασης πληθυσμών και ειδών και πως αυτές οι αλληλεπιδράσεις μεταβάλλονται υπό την πίεση κυρίως των περιβαλλοντικών παραγόντων, όπως η κλιματική αλλαγή (εξελικτική οικολογία), ενώ το αντικείμενο της προστασίας του περιβάλλοντος περιλαμβάνει τις στρατηγικές μείωσης της περιβαλλοντικής επιβάρυνσης από την ζωική παραγωγή σε επίπεδο ζώου, εκτροφής και συστήματος. Σε αυτή την κατεύθυνση, ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην συνολική διαχείριση των εκμεταλλεύσεων, αλλά και στην εφαρμογή τεχνολογιών για την διαχείριση των λυμάτων της κτηνοτροφίας (π.χ. αναερόβιοι αντιδραστήρες).